Mehrheitsgesellschafterin war und ist die Sparkasse Osnabrück; seit Januar 2024 ist die Stadt Osnabrück ebenfalls Gesellschafterin. Von Beginn an sind zudem 12 traditionsreiche Unternehmen der Region mit jeweils 2 Prozent an der gGmbH beteiligt.

Der Betrieb des Museums wird finanziell durch die Stiftung der Sparkasse Osnabrück abgesichert, die Stadt Osnabrück unterstützt das Museum ebenfalls durch eine jährliche Förderung. Hinzu kommen für die Sonderausstellungen und andere Projekte regelmäßig Unterstützungen weiterer Förderer wie Stiftungen und öffentlicher Institutionen. Auch die Stadtwerke Osnabrück begleiten das MIK durch ein Sponsoring.

Ende 2023 hat der Rat der Stadt Osnabrück einstimmig entschieden, sich als Gesellschafterin an der gGmbH, die das MIK betreibt zu beteiligen. Damit knüpft die Stadt Osnabrück an die Anfangszeit des Hauses an, in der das Museum dem Kulturhistorischen Museum Osnabrück angegliedert war und sich so in städtischer Trägerschaft befand.

Die Sparkasse Osnabrück mit 51% und die Stadt Osnabrück mit 25% an der Museum Industriekultur Osnabrück gGmbH beteiligt. Die restlichen Anteile verteilen sich auf Osnabrücker Unternehmen, die jeweils zwei Prozent der Anteile innehaben.